La pathogenèse étudie le développement d'une maladie et la chaîne d'événements qui lui sont associés, lesquels déterminent étape par étape les modifications morpho-fonctionnelles des cellules et des tissus appartenant aux organes affectés. Ces altérations peuvent être causées par des agents chimiques, physiques ou biologiques (virus, bactéries, etc.).
Alors que l'étiologie en définit les causes, la pathogenèse étudie ses conséquences.
En lisant des textes médicaux, on peut donc rencontrer des termes tels que: pathogenèse microbienne, pathogenèse inflammatoire, pathogenèse virale, pathogenèse maligne (tendance d’une maladie, généralement une tumeur, à s’aggraver progressivement jusqu’à devenir potentiellement mortelle). De nombreuses maladies reconnaissent différents facteurs de causalité (étiologie multifactorielle) et encore plus nombreux sont ceux caractérisés par différents mécanismes évolutifs (pathogenèse multiple).