Le contrôle sanitaire établi par les unités compétentes pour l'influenza aviaire est non seulement lié aux conséquences économiques de la mortalité animale, mais il suscite également des inquiétudes pour la santé publique . Ce qui inquiète la plupart des experts, c’est que les nouveaux sous-types de virus deviennent capables de provoquer une maladie chez l’homme et, surtout, de se transmettre d’une personne à l’autre. Les virus de la grippe appartenant au type A subissent en effet des phénomènes de réassortiment génétique très fréquents; cela permet une capacité remarquable d' adaptation aux nouveaux invités et détermine l' apparence continue des nouvelles souches virales . Ces mutations peuvent se produire, par exemple, lorsqu'un virus humain et un virus aviaire "échangent" leur patrimoine génétique ou lorsque le virus d'une espèce animale passe d'une autre espèce animale (le passage des oiseaux aux porcs est particulièrement dangereux). Par conséquent, il est possible que le réservoir d'un animal soit à l'origine d'un nouveau virus auquel l'homme est sensible (comme ce fut le cas au siècle dernier, par exemple avec le virus espagnol A-H1N1 de 1919 ou le virus asiatique de A-H2N2 de 1957).
Toute transmission interhumaine permettrait à la maladie de se propager dans le monde entier, provoquant ainsi une pandémie de grippe aviaire . Actuellement, les virus au potentiel pandémique le plus élevé restent les virus H5N1 et H7N9, car ils continuent à circuler parmi les poulets et peuvent provoquer une maladie grave chez l'homme. D'autres sous-types de virus pourraient déclencher une pandémie, mais le risque est considéré comme plus faible.
