L'odeur des matières fécales est principalement liée aux processus de putréfaction qui affectent les acides aminés qui ont échappé à l'absorption intestinale. Ces nutriments sont en fait interceptés par des bactéries du côlon, soumis à un processus de décarboxylation qui produit les amines toxiques suivantes:
arginine → agmatine
cystine et cystéine → mercaptan
histidine → histamine
lysine → cadavérine
ornithine → putrescine
tyrosine → tiratina
tryptophane → indole et boîte
Beaucoup de ces substances donnent aux selles une odeur particulièrement désagréable.

La diarrhée et les matières fécales du végétarien sont peu malodorantes.
Les matières fécales de poisson ou de sperme sont caractéristiques de la dysenterie bacillaire, du choléra et plus généralement de la mucorrhée.
En résumé, l'odeur des selles est donc influencée par les habitudes alimentaires (quantité de protéines, aliments aromatiques tels que l'ail ou les oignons, etc.), par la flore bactérienne intestinale, par l'état de santé et par des habitudes particulières (par exemple, fumer ou chiquer du tabac). . En général, la consommation de petits repas bien équilibrés, sans associer d'importantes quantités d'aliments "incompatibles" (voir régime dissocié), contribue à optimiser les processus digestifs, en réduisant l'incidence de troubles tels que le météorisme et la flatulence, et en donnant aux selles une sentir sui generis.
Tous les cas dans lesquels l'odeur défectueuse des selles est accompagnée de symptômes tels que selles noires, catramoses ou pâles, présence de sang dans les selles, fièvre, frissons, fortes crampes abdominales, présence abondante de mucus dans les selles et perte de poids.