L'encéphalite japonaise est répandue dans presque toute l'Asie et dans certaines régions d'Océanie. Le risque de contracter l’infection est généralement limité pour la plupart des voyageurs; cependant, la destination, la durée du séjour et les activités effectuées pendant le séjour doivent être prises en compte.
Les zones à risque sont principalement les zones rurales et agricoles, en particulier celles destinées à la culture du riz, dans lesquelles la maladie est endémique. Cependant, les cas dans les centres urbains ou à proximité ne sont pas rares, s'il existe des conditions favorables au développement des moustiques.
En Asie du Sud-Est, le risque de contracter la maladie par la piqûre d'un moustique infecté est présent toute l'année, avec des accentuations lors des pluies de mousson jusqu'au début de la saison sèche; Par contre, dans les régions tempérées de Chine, du Japon et de la péninsule coréenne, la transmission est plus forte de mai à septembre (période de plus forte activité des transporteurs). Lorsque vous voyagez dans des zones d'endémie, la vaccination peut être recommandée.