Comme les médicaments, les xénobiotiques subissent dans leur organisme des processus de biotransformation qui visent à les rendre plus solubles dans l’eau et à faciliter leur élimination.
Suite aux divers processus de biotransformation, opérés par de nombreuses enzymes (Phase 1 et Phase 2), et à leur activation, les xénobiotiques peuvent avoir différentes destinations:
- excrété tel quel (par exemple l'éther éthylique);
- excrété inactif;
- excrétés toujours actifs (tels que les glucosides d'anthraquinone ou les anthraquinones);
- transformé en composés toxiques ou très toxiques;
Quelques exemples de biotransformation sont maintenant faits.
Les amines aromatiques, suite à l'introduction de groupes -OH sur l'azote, donnent naissance à des métabolites cancérogènes dans le foie.
Les HAP contenant des TCDD (dioxines), les PCB et les benzofuranes sont tous des composés appelés "inducteurs pharmacométaboliques". Ils accélèrent donc l'action pharmacométabolique au niveau du cytochrome P450, augmentant le métabolisme de ces substances qui ont un effet sérieux sur transcription génique.
On parle de bioactivation lorsque la toxicité initiale n'a pas une affinité suffisante avec le site cible, de sorte qu'elle est transformée en un métabolite très similaire.