Dans la pharmacopée officielle, des méthodes d'évaluation générale, chimique et biologique sont rapportées. Mais la pharmacognosie utilise aussi des méthodes beaucoup plus sophistiquées, telles que la spectroscopie et la chromatographie.
L’évaluation de la qualité des médicaments du point de vue chimique offre un approfondissement marqué, propre à la capacité analytique des instruments utilisés; autrement dit, un médicament est évalué sur la base de la quantité et de la qualité des principes actifs qu’il contient, qui sont déterminants de manière analytique et précise grâce à des instruments chromatographiques extrêmement précis. Parmi ces techniques chromatographiques, on trouve: la chromatographie en phase gazeuse, la masse de gaz, la HPLC (chromatographie en phase liquide sur colonne), la chromatographie par échange d’ions et la chromatographie sur plaque (TLC, HPTLC). Ce sont toutes des méthodologies qui utilisent le principe chromatographique dans l’évaluation quantitative des substances chimiques présentes dans un phytocomplexe. Par conséquent, ces instruments nous permettent d’évaluer le médicament en tant que phytocomplexe, la quantité et la qualité des différentes classes de produits chimiques, leur rapport et la quantité de principe actif caractérisant.
Pour évaluer le phytocomplexe, il est important d’adopter les stratégies les mieux adaptées à son extraction, car il n’existe aucune méthode d’analyse qui n’ait été précédée d’une extraction. Les extractions sont nécessaires au pharmacien-pharmacien pour évaluer le médicament ou, éventuellement, pour obtenir des éléments d’utilisation de ce médicament, qui peuvent être directement introduits dans le secteur tertiaire. Les méthodes d’extraction permettent d’obtenir les catégories de principes actifs jugées importantes dans la classification qualitative du médicament ou d’extraire sélectivement une ou plusieurs catégories considérées comme une expression de son activité.
Les principes actifs sont généralement des molécules de glycosides, alcaloïdes, terpènes, anthraquinones; tous les métabolites secondaires qui expriment la biologie relationnelle de l'organisme; il existe cependant aussi des molécules issues du métabolisme primaire d'intérêt pour la santé, telles que les glucides (amidon et ses dérivés, cellulose et ses dérivés), les protéines et en particulier les enzymes protéolytiques (papaïne ou bromélaïne).
Avant de procéder à l'extraction des principes actifs d'un médicament, il est nécessaire de considérer la caractérisation physico-chimique de ce dernier; en d'autres termes, avant d'extraire un principe actif, il est nécessaire de bien connaître sa nature chimique en termes de polarité, car le processus d'extraction est essentiellement réduit à l'association d'un solvant adéquat au médicament. Ce solvant, chimiquement similaire au principe à extraire, le retire sélectivement du phytocomplexe restant; plus cette affinité chimique est accentuée et l'extraction aura lieu ("le semblable dissout le semblable"). Il est donc essentiel de connaître, du point de vue phytochimique, le principe à extraire, pour associer le solvant ou le mélange de solvants avec lequel il se ressemble davantage.
