Bien qu’aujourd’hui cela puisse nous paraître évident, c’est évident, mais depuis des millénaires, l’homme a ignoré que causer certaines maladies était un organisme microscopique.
Jusqu'en 1600, la théorie dite de la génération spontanée, selon laquelle certains organismes peuvent se générer spontanément à partir de matière non vivante, était considérée comme valide. L'exemple classique est celui des larves, considérées comme capables de générer à partir de rien dans un morceau de chair en décomposition.
Le premier à invalider cette théorie fut Francesco Redi, médecin personnel du grand-duc de Toscane. Redi a mis deux morceaux de viande fraîche dans deux récipients séparés, en laissant le premier ouvert et en protégeant ce dernier des mouches à rétine. Au bout de quelques jours, il s'aperçut que seul le vaisseau découvert grouillait de larves. Redi a donc montré que les larves ne sont pas générées à partir de rien mais proviennent des œufs pondus par les mouches.
L’existence de micro-organismes n’a commencé à parler qu’au XVIIIe siècle, grâce aux études de Modena Lazzaro Spallanzani, qui a pour la première fois inventé et introduit dans la littérature médicale le terme "germe". Cependant, la découverte de bactéries est attribuée à Antony Leeuwenhoek (1632-1723), un commerçant de tissus passionné de microscopes.
Leeuwenhoek a observé comment, après s'être brossé les dents, il y avait des "animaux vivants" dans les dépôts de tartre. Cette découverte a été rendue possible par l'optimisation du microscope optique, construit par Leeuwenhoek lui-même et amélioré par la suite par Hooke.
L'avènement du microscope moderne a cependant ouvert de nouvelles questions sur la théorie de la génération spontanée. Dès les premières observations, en fait, il semblait que la simple exposition à l'air d'une substance organique conduisait rapidement au développement de germes à sa surface.
Pour réfuter complètement l'hypothèse d'une génération spontanée de microbes, le biologiste français Louis Pasteur est intervenu. Pasteur a fait bouillir le bouillon dans une fiole en verre à long col, équipé d’un bec spécial en forme de S pour empêcher l’entrée de poussière (et des bactéries présentes dans celle-ci). Pasteur a constaté que grâce à ces mesures, les bactéries ne se développaient pas dans le bouillon et que, par conséquent, les germes ne se généraient pas spontanément.
