La trypanosomose africaine est principalement contractée par la ponction d'une mouche tsé-tsé infectée. Cependant, une transmission verticale de la mère à l'enfant pendant la grossesse est également possible. En fait, le trypanosome peut traverser le placenta et infecter le fœtus. La transmission par d' autres insectes hématophages n'est donc pas exclue, même si ce mécanisme reste à clarifier.
Des infections accidentelles se sont produites entre des agents de santé et des travailleurs de laboratoire à la suite de piqûres avec des aiguilles contaminées .
