Chez l'animal, les symptômes de l'influenza aviaire varient aussi bien en fonction de la souche virale impliquée dans l'infection que de l'espèce touchée. Chez les oiseaux, en particulier, l’infection est bénigne si elle est causée par des virus faiblement pathogènes appartenant à tous les sous-types H ( LPAI - Influence aviaire faiblement pathogène ). La maladie causée par l'IAFP est localisée et caractérisée par des symptômes respiratoires et entériques, souvent associés à un malaise général, à des anomalies de larmoiement et de reproduction chez les animaux d'élevage (altérations d'œufs et perte d'œufs, par exemple).
En revanche, certaines souches virales appartenant aux sous-types H5 et H7 peuvent être à l'origine d' influenza aviaire hautement pathogène ( HPAI - Influence aviaire hautement pathogène ), une maladie systémique et grave associée à une mortalité élevée chez certaines espèces d'oiseaux sauvages et domestiques. Les symptômes les plus évidents sont le système nerveux, avec dépression du sensitif, rotation en arrière de la tête et paralysie des ailes.
